Поведение Flatten зависит от параметра data_format слоя (или глобальной настройки Keras). При значении по умолчанию channels_last тензор имеет форму (H, W, C) и разворачивается в row-major порядке: последний индекс меняется быстрее всего. Для каждой пространственной позиции (h, w) последовательно идут все каналы — R, G, B — а затем следующая позиция. Каналы перемежаются.
При data_format="channels_first" тензор имеет форму (C, H, W), и порядок меняется на противоположный: сначала полностью проходит весь R-канал (все пиксели), затем G-канал, затем B-канал. Анимация ниже показывает случай channels_last.